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Este escrito sistematiza las lecciones aprendidas sobre procesos y productos del acompañamiento a la formación docente investigativa en pedagogía universitaria en una universidad del Caribe (2003-2010). La experiencia tiene como antecedente la sistematización de la formación docente en la Universidad desde que se creó (1962); esta permitió evidenciar su trayectoria, opciones, fortalezas, desafíos y necesidades. En el 2003 se diseñó un diplomado en pedagogía universitaria. Luego de su concertación y aprobación, en enero de 2004 se inició. En razón de su rigor y exigencias, por solicitud de sus participantes, este se convirtió en especialización en julio de 2004, situación que implicó reconvertir la propuesta inicial y formalizarla en el ámbito de la educación superior. El escrito evidencia concepciones y desarrollos del acompañamiento y de la sistematización; permite hacer explícitas lecciones aprendidas en torno al significado de acompañar procesos de formación docente, en pro de la construcción de saberes pedagógicos en el ámbito de la pedagogía universitaria en disciplinas particulares.